马聃、褚太后的两位侄儿司马丕和司马奕，桓温在外，皇帝的人选主要是褚太后和司马昱来定夺。本来桓温计划讨伐前燕能稳妥的获得军功，回来自己便可以当皇帝了，结局缺失惨的出乎意料。夺回寿春后，桓温请教郗超道：“这次胜利能一雪枋头兵败之耻吗？”郗超则表示不能，寿春只是稳定本来就有淮河防线，但是可以效仿伊尹、霍光，废立皇帝，树立威权。桓温于是决定拿司马奕练手。

    十一月，桓温带兵入朝，威逼褚太后废除司马奕的帝位，理由是司马奕阳痿不能生育，让宠臣替他与后宫嫔妃私通，所生三子冒充皇子，诬罔祖宗。褚太后只得集百官于朝堂，下诏废司马奕为东海王。而后，桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝。

    司马奕就这么被废了，司马昱这么一个大活人就这么接了皇帝，他可是司马睿的儿子，褚太后依然是太后，东晋、西晋百余年间发生的闹剧，一次又一次的刷新人们的认知。前秦天王苻坚对此不以为然说道：“桓温此前败于灞上，而今又败于枋头，十五年内两次使国家军队遭受重大打击。不但不反思过错，向百姓谢罪，竟还废黜君主。六十岁的老叟如此举动，如何自容于天下？”

    桓温废立后，继续清除朝廷里的异己。武陵王司马晞被桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾，免去司马晞与其儿子们的官职，让他们返回封地。后来，桓温又逼新蔡王司马晃自首，称与司马晞等人谋反，将他们收付廷尉，请予诛杀。司马昱不许，最终，司马晞、司马晃被废为庶人，牵扯到殷氏、庾氏都被族诛。桓温干了如此之多的事情，杀了那么多人，仅仅用了十天的时间，东晋实际已经是桓温的了。侍中谢安见而遥拜，更以君臣称作二人关系。而司马昱虽被立为皇帝，但却形同傀儡，常担心被桓温废黜，甚至向郗超询问桓温是否会再行废立。郗超以家族百口担保不会再发生政变，司马昱这才稍微安心。史书记载，谢安认为司马昱与司马衷一样，只是清谈方面司马昱略胜一筹。司马昱各方面史书记载很详实，再次证明司马衷绝非后世认为的白痴皇帝。

    桓温返回姑孰镇守，司马昱多次征召桓温入朝辅政，都被桓温推辞。公元372年七月，司马昱病重，急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。桓温仍推辞不肯>> --