公元412年九月，刘毅抵达江陵，带来江州一万余老部众，甚至请求堂弟刘藩前来帮忙。刘毅之前觉得自己有些文化，拉拢不少士族，或许这些士族是因为被刘裕厌恶无安身之处，在建康混不下去的士族大都跟随刘毅去了江陵。

    对于刘藩调动，刘裕同意了，但刘藩接受任命必须要回建康，趁这个机会刘裕公布刘毅的罪状，将刘藩以及与刘毅亲昵的谢混赐死。随后，刘裕亲自率军讨伐刘毅，让司马休之接替刘毅的荆州刺史，诸葛长民接替豫州刺史，弟弟刘道怜驻守京口。当然荆州、豫州仍被刘毅占据，无法上任，特别是诸葛长民，刘裕将他留在太尉府，与刘穆之一起总理朝廷事务，当然实际是刘穆之在打理。

    武人的勇猛再次显现，王猛之孙王镇恶，虽然加入刘裕阵营时间较晚，但在讨灭南燕的战斗中表现突出，深得刘裕赏识，此次西进，王镇恶请求刘裕交给他一百条船担任先锋。刘裕对其交代，如果得胜便进攻，如果不利就焚烧敌方舰船，将小船停留在岸等待大军。

    十月，王镇恶抵达豫章口，离江陵城只有二十里，于是下船步行进军，每条船上留一两个人，岸边立起六七面旗帜，旗下放置战鼓。王镇恶告诉留下的人：估计我们就要到江陵城时，你们便不停地擂起战鼓，做出后面好像还有大部队的样子。另派人去烧刘毅停靠在江津（今湖北省荆州市南长江中的船舰。王镇恶径直去突袭江陵城，在离城还有五六里远时，碰上刘毅手下将领，对方问道：“干嘛的”，答道：“刘藩部众”，又问：“刘藩在哪里？”，军士们说：“在后面。”刘毅的人走到后面只看到盾牌等兵器，又看见江津的船舰起火被烧，江边又传来鼓声，这才骑马回城向刘毅报告。王镇恶的部众早已进入江陵城，刘毅的部众大多北府兵出身，与王镇恶的部众都很熟，得知刘裕亲自带兵前来便一哄而散。半夜，刘毅突围逃出，投奔江陵城外佛寺。此前刘毅杀过寺里为桓氏提供藏身之处的僧人，这次佛寺坚决拒绝刘毅进入，无处可躲刘毅自缢而亡，随后刘毅一族被灭。

    此时与刘裕一同起事的十二人中，除去战死的、自杀的、病亡的，能稍有实力仅剩诸葛长民，看到刘毅的下场，他很担心。诸葛长民写信征求另一位北府元老刘敬宣的意见，刘敬宣转手将信交给刘裕，表明立场。公元413年三月，刘裕返回建康，诸葛长民前来汇报工作，刘裕遣散胖人拉着他单独谈心，把一辈子说不透的话都说了，诸葛长民很高兴，可惜刚谈完便跳出一人将诸葛长民绞杀，之后诸葛一族被诛灭。

    平定西府时，刘裕以其内弟臧熹监军，分兵两万交给朱龄石，并任命其为益州刺史，继续向西讨灭谯蜀。朱龄石在刘裕起兵京口是从桓氏阵营中转投，每次行军都跟随刘裕，深得刘裕赏识，但资历相对较浅。或许刘裕不希望派一个资历深的去蜀地，之后又多出一个军阀，朱龄石是相对合适的人选。

    朱龄石出发前，刘裕交代给他一个盒子，>> --