军事方面，其军事制度大多沿用蒙古帝国时期的架构。

    即，由十人组成一个什部，由一名十户官带领；十个十户组成一个百户军，由一名百户带领；十个百户组成一个千户军；由千户带领。千户军是战场中最小的作战单位，蒙古语中称千户为“那颜”，所有的指挥和调动都由各个“那颜”来实现。

    在过去，那颜与万户都由部族里的武士来担任，这种制度就是斡耳朵制度。

    所谓斡耳朵制度，就相当于一个金字塔的模型，大可汗的斡耳朵就是各地汗国的大汗，各地汗国的大汗也有自己的斡耳朵，那就是自己的儿子和兄弟，也就是部族的领袖，他们大多数是万户。大汗的儿子和兄弟们当然也有自己的斡耳朵，那就是各个那颜，也就是千户。

    兀鲁?马黑麻时期，这种情况被初步的削弱，全国的万户不再在地方上管理自己的城镇，而是在开天县，也就是中央，遥控自己的领地，食取封邑。且在兀鲁?马黑麻时期，各地的万户与千户被统一编为了怯薛军。从说法上来讲，各地部族所收受的俸禄名义上是怯薛军的工资。

    等到马合木达克时期，贵族的分封被进一步的削弱，各个万户与旗下各个千户的交流都只能靠书信来完成，随着科举的逐步推进，各地的知县完全取代了万户在地方上的地位。万户完全成为了拿着国家俸禄的一种武官，也就是怯薛军的武士。

    斡耳朵制度理论上仍然存在，比如在怯薛军中，千户百户仍然完全听命于自己的宗主，但这种制度不再有过去那种很高的自治度了。

    怯薛军成为了保卫大汗自己的最后屏障，现在，怯薛军被编入精神体系之中，不受太武府管辖，与大汗共存亡。

    在经过十数年的征战后，不要说自治度，现在怯薛军的千户万户们都巴不得继续在军中任职，让自己的小日子过得更舒坦一些。一个是因为当年那批有野心的老万户早就死光了，二来也是不用自己费心劳力就可以吃好喝好的感觉那真太爽了。

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