事后，重伤昏迷的绫波丽和凉波琴音被紧急送往NERV本部的医院进行抢救，同时NERV派人清理了现场，并尽可能搜集线索。鑫记酒店倒塌得十分彻底，许多有价值的线索都化为乌有了，然而当NERV的人调查到参森与单眼蛇的同伙战斗的那间厨房时，只发现了松坂由乃的尸体，而关住黄长濑九的那座锅炉却从中间裂成了两半，里面空无一人，水全洒了出来，地上还有人逃跑后留下的脚印……

    单眼蛇西岛美弥弥的尸体在酒店隔壁那栋烂尾楼的楼道里被发现了，真嗣说她是被那个跟踪过他、绫波、还有明日香的黑衣蒙面人射杀的，于是此人被NERV谍报部列为重点侦察对象。宝拉被日本警方逮捕后，就移交给了美国政府，就她暗杀美国总统的罪行提出指控。至于加贺鸫，她在酒店倒塌后就不知去向，警方想对她进行通缉，但参森拒绝指控她，还为她被诬指为暗杀美国总统的凶犯为她开脱，这让所有人都感到不解。

    “总之，能够平安无事的回来就好……”新歌舞伎町的一间居酒屋里，鱶尾信吉正和刚刚回来的参森在一起聚餐，这会儿已经是傍晚，第三新东京市刚刚解除了使徒警报，市民们又恢复了往日的生活，因此大街上车水马龙，人来人往，充满了生气。

    “谢了…”参森喝了一大口苦茶，接着说，“对了，我听说使徒已经被真嗣他们打倒了，还保留了完整的样本。”

    “是的，赤木博士对此大为赞赏，下一步她准备对使徒样本进行全面解析。”鱶尾告诉参森NERV的下一步计划。

    “嗯…”参森的表情变得严肃起来，他小声对鱶尾说：“另外我还听说，这次胜利的代价相当高昂，初号机和零号机这两台机体都遭受了重创…”

    鱶尾认真的点了点头，说：“不仅如此，NERV中还混入了内鬼捣乱，碇家少爷这次险些遭到毒手！”

    “葛城一尉已经告诉我这件事了，请问具体情况是怎样的？”参森这次来见鱶尾，也是想趁机从他那里打听一下看有没有什么线索，他怀疑此次事件与EVA驾驶员们收到恐吓信有关。

    听了参森的疑问，鱶尾打开放在自己身旁的包，从里面取出一个自制的扁圆形装置放在桌上让参森看。

    “这是我在EVA初号机插入栓的外壳上找到的，似乎是某种磁性传感装置…”鱶尾把自己对这个装置的分析告诉了参森，“它能屏蔽NERV司令部与插入栓的连接，并黑入插入栓的控制系统获得访问权，然后用一种独立信号远程遥控插入栓改变>> --